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Das Donauaquarium zeigt seit 1994 die Unterwasserwelt der Donau von der Quelle bis zur Mündung. In sieben großen Schaubecken und mehreren Kleinaquarien – insgesamt rund 100.000 Liter Wasser – leben etwa 40 der über 100 in der Donau vorkommenden Fischarten. Die Donau ist 2.858 Kilometer lang und durchquert zehn Länder. Entsprechend vielfältig sind ihre Lebensräume, die im Aquarium nachempfunden werden. Im Bereich des Oberlaufs findet man Fische, die klares, kaltes und sauerstoffreiches Wasser benötigen, wie die Bachforelle oder den Huchen, der auch „Donaulachs“ genannt wird. Dieser große Raubfisch gilt als „König der Donau“, ist aber durch Gewässerverbauung und Verschmutzung selten geworden. Im Mittellauf leben Schwarmfische wie Rotfedern und Rotaugen, aber auch Räuber wie Hecht und Zander. Der Unterlauf und die Mündungsregion sind geprägt von ruhigen, nährstoffreichen Gewässern, in denen Karpfenarten, Störe, Aale, Schleien und natürlich die auch „Waller“ genannten Welse vorkommen. Diese zählen zu den größten heimischen Süßwasserfischen und drei Meter Länge erreichen und bis zu 150 Kilogramm schwer werden. Neben Fischen beherbergt das Donauaquarium aber auch viele heimische Reptilien und Amphibien. Dazu gehören Äskulapnattern, Ringelnattern, die bedrohte Europäische Sumpfschildkröte, Kamm Molche und Gelbbauchunken. Für Molche und Gelbbauchunken betreibt der Tiergarten hinter den Kulissen eine eigene Zuchtstation. Jedes Jahr werden dort über tausend Jungtiere aufgezogen und anschließend gemeinsam mit regionalen Naturschutzbehörden und anderen Partnern ausgewildert. Damit leistet der Tiergarten einen wichtigen Beitrag zum Erhalt dieser bedrohten Arten.
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